Действие разворачивается в далеко будущем мире, где передовые технологии стали частью повседневности и находят применение даже в карточных поединках. Юма Цукумо — молодой фанат дуэльных турниров, мечтающий стать чемпионом «Дуэль Монстров», однако пока он остаётся новичком, не умеющим выстраивать серьёзные тактики. Однажды он вызывает на турнир местного чемпиона Рёге Камисиро, и вдруг рядом с ним появляется загадочный призрак без воспоминаний — Астрал. Он объясняет, что его память рассыпалась на девяносто девять особых карт, которые называют «Номерами». Теперь цель Юмы состоит не только в том, чтобы подняться на вершину дуэльных соревнований, но и помочь таинственному призраку-дуэлянту вернуть свои воспоминания. Чтобы достичь этого, ему придётся погрузиться в серию опасных поединков, собирая «Номеры» и раскрывая тайны своего нового спутника, шаг за шагом приближаясь к разгадке прошлого.
