После разрушительной волны стихий 2010 года планета оказалось на грани хаоса: гигантские гиперураганы сотрясали атмосферу и наноcили колоссальные повреждения во всех уголках мира. Из восьми миллиардов землян миллионы погибли за мгновение — приблизительно пять миллиардов жизней исчезли. Северная Америка, Россия и северная Европа покрошились льдом, под водой исчезли огромные равнины, и ландшафт планеты изменился до неузнаваемости, заставив человечество шагать по новому миру. Японское государство сумело сохранить автономность и начать путь к восстановлению, подпираемому прогрессивной технологией Дополнительной Силы, которая вскоре стала опорой экономического подъёма. Но за пределами Особой Экономической Зоны царила нищета: правящий слой объявил себя Логосом и использовал ТДС в военных целях, в то время как обедневшие слои населения прозвали себя ревенусами и изгнали за пределы зоны. Чтобы держать под контролем военную мощь страны, Европейский союз ЭО и Азиатский союз АО учредили Единую оборонительную коалицию АЭС; их войска соединились в Кюсю и натолкнулись на наступление передового подразделения «Фантом», которое было разбито сокрушительной силой. Затем последовал двусторонний договор о ненападении с AES, и эти силы стали применяться против мятежей внутри самого государства. Прошло время: Джо Кацураги и Джин Цурасава скрываются от фантомов, созданных, чтобы «присматривать» за ревенусами и подавлять элементы Логоса. В их компании появляется таинственная девочка по имени Сана Нобуто, за которой одновременно тянутся руки множества людей и их скрытые мотивы.
