История начинается в декабре 2010 года и разворачивается в окрестностях загадочного β‑поле аттрактора. Ринтаро Окабэ, погружённый в отчаяние после очередной неудачной попытки изменить будущее, пытается забыть прошлое и избавиться от мучительных воспоминаний. Он решает начать новую жизнь и спрятать своё «второе я» — образ безумного учёного — подальше от глаз окружающих, чтобы жить как обычный студент. Но счастье длится недолго: в его мир врывается знакомая Махо Хиядзё, представительница Курисы Макисэ из американского университета. Махо сообщает, что в их лаборатории уже начаты испытания нового устройства, способного сохранять воспоминания человека и внутри их памяти воссоздавать характерные черты личности. Возможность моделирования памяти с помощью этого прибора приносит Окабэ новые волнения и тревоги, словно возвращая его в зловещеee прошлое. Он и представить не мог, какие страдания и неожиданные последствия ждут его впереди и как они затронут судьбы многих людей вокруг.
