После смерти родителей Такэру Яги его воспитанием занялся глава семейства Рокуносукэ Тома. Теперь вокруг парня постоянно находятся люди: его лучший друг и заклятый соперник по кружку кэндо Такэси Ямато, сводные сестры Котоно и Асука Сиратора, а также давняя подруга детства Сэри Осу. Жизнь Такэру казалась безмятежной, пока однажды не разразилось мощное землетрясение и не разрушило его школу. Проснувшись, он сталкивается с ужасающей картиной: школа превратилась в руины, словно древние забытые строения. Более того, он понимает, что все учителя и ученики исчезли бесследно. Вскоре Такэру встречает Сэри и Асуку, и троица спешно покидает зияющую опасностями местность. Бродя по городу, они приходят к горькому знанию: исчезло нечто большее, чем просто здание — исчезло всё население города.
