Спустя три года после того, как избранные защитили цифровой мир от зла, прошлое кажется далеким и забытым. Герои уже стали взрослее, повседневность вернулась в их жизни, а воспоминания о страшных событиях слабо помнят. Но новая угроза всплывает на горизонте: Император Дигимонов — могущественный правитель, который не щадит никого и превращает Digimon в орудия своих темных планов. Чтобы остановить его, выбирают трёх молодых избранников — Дайсуке Мотомия, Иори Хида и Мияко Иноэ. Они получают свои индивидуальные дигивайсы и знакомятся с новыми спутниками — собственными дигимонами, которые будут рядом в каждом испытании. Ребята отправляются в новое приключение, где им предстоят многочисленные испытания, неожиданные открытия и важные уроки дружбы. Вместе они должны доказать, что даже подростки способны стать настоящими защитниками цифрового мира и вернуть баланс в мир Digimon.
