Освободившись от обязанностей в 501-м секретном подразделении, Мотоко Кусанаги начинает подчиняться приказам Дайсуке Арамаки. Неизвестный взломал искусственный интеллект Логикомы, и Бато собирает новую оперативную группу. Он привлекает к делу бывшего офицера разведки Исикаву и эксперта по взрывчатке и подпольному делу Бому. Кусанаги намерена привлечь к расследованию снайпера Сайто и тайного агента Падзу. Девятый отдел готовит еще одну операцию, нацеленную на выход на след правды. Но за этой цепью событий прячутся глубокие вопросы о границах между человеком и машиной, о роли искусственного интеллекта в жизни граждан и о том, кто держит нити в руках, когда мир балансирует на краю кризиса. Расследование сталкивается с личными интересами, старыми связями и своевременной преданностью делу, что заставляет команду идти на риск ради раскрытия правды.
