Прошло три года с момента возвращения Ямато после миссии на Искандере. Земля сумела вернуть контроль над своей планетой, разорвав влияние Космореверса, и заключила мирное соглашение с Гамилусом. В ответ на новые угрозы началось строительство обновленного оборонного флота, возглавляемого флагманом передовых классов — броненосцем «Андромеда». Несмотря на просьбы Старши не расширять военные возможности, Земля выбирает путь усиления и агрессивной подготовки. Ямато остаётся на передовой и помогает приблизиться к миру, однако цена такого достижения оказывается слишком высокой — жертвы растут. В это время богиня Тереза, молящаяся о мире во вселенной, зовёт Ямато вновь отправиться в путь. Но над вселенной нависает новая угроза — Гатлантис, который приближается к Земле и охватывает всё вокруг, ставя под сомнение судьбу человечества и его союзников.
