Прошло уже целое тысячелетие с момента, как загадочная раса Гауна разрушила Солнечную систему. Эти гигантские, почти неуязвимые твари лишены разума, что делает их угрозу особенно опасной и непредсказуемой. Выжившее человечество вынуждено было искать убежище за пределами родной системы — на борту гигантского космического корабля «Сидония», ставшего оплотом цивилизации. Путешествуя по бескрайней пустоте и уклоняясь от преследований инопланетной расы, люди осваивают создание пилотируемых боевых машин, ставших их главной защитой и шансом на выживание. Нагатэ Таникадзэ, чья жизнь до поры была в изоляции внутри этого корабля, внезапно оказывается в центре внимания команды пилотов после того, как его талант к управлению боевыми системами открывается. Он начинает обучение и становится пилотом. Вскоре он вместе с товарищами по эскадриле вступает в жесткую, опасную войну с Гауной — сражаясь за выживание человечества и за будущее всего рода.
