Обычный старшеклассник Аруто Кирихара погружён в истории об Алисе, написанные загадочным отшельником по имени Альтернайт Л. Тахион, живущим в иной реальности. Однажды ночью, пока он дописывает свою версию будущей “третьей книги”, на него опускается лунный свет, и появляется девушка, которая летит сквозь ночь — она выглядит точно так же, как та Алиса, чьё образ витает в его воображении. Аруто выбегает из дома и погоняет за летающей фигурой, пока не оказывается в старой библиотеке, где становится свидетелем её схватки с другой девушкой в костюме. Так начинается его внезапное знакомство с миром Алисы — привилегированным сообществом тяжёлых сил подростков-девочек, которые регулярно сражаются в Стране Чудес за пределами обычного пространства, чтобы выкрасть друг у друга “скрытые истории”. Собранные истории образуют легендарный третий том “Вечной Алисы”, и владелец получает одно желание. Вероятно, это не Аруто, ведь он не умеет превращаться в волшебную девушку. Но возможно, именно его любящая младшая сестра Кириха Кирихара. Или же та девушка, о которой он мечтает — Арису Арисугава...
