В недалёком будущем большая часть суши ушла под воду после катастрофического подъёма океана, и человечество вынуждено существовать на плавучих городах и подводных станциях. Нацуки Икаруга — молодой человек, чья жизнь изменилась после тяжёлых испытаний: несколько лет назад он потерял мать и лишился ноги, а рядом с ним остаются лишь старый корабль и батискаф, а также долги, унаследованные от бабушки — профессора морской геологии Нонко Ятигусы. Чтобы расплатиться с долгами, он отправляется в рискованную экспедицию к затонувшему сооружению, где, по слухам, бабушка прятала ценные предметы. Но вместо сокровищ он обнаруживает запечатанную капсулу, внутри которой спит робот-гуманоид по имени Атри. По пробуждению Атри клянётся помогать Нацуки, как минимум до тех пор, пока не всплывёт память о последнем задании, которое когда-то было поручено её прошлой хозяйке.
