Благодаря прогрессивным разработкам профессора Юко Кодзуки и необычным способностям Касуми Ясиро курсант Такэру Сироганэ возвращается в свой родной мир. Но он не может забыть долги и начинает просить Юко о помощи в завершении проекта «Alternative IV» — последней надежде человечества против БЕТА, инопланетной расы, вторгшейся на планету. Работы над проектом движутся к финалу, и Такэру вместе с другими курсантами проходит завершающую фазу в пилотной академии в Йокогаме. Во время испытаний новой операционной системы для тактических боевых доспехов — массивных боевых механизмов, которые люди используют против врагов — БЕТА устраивает засады на Такэру и его команду. Едва избежав гибели, он получает тяжёлые ранения и становится свидетелем гибели близкого друга, что коренным образом меняет его восприятие мира. Потеряв силы и волю к сопротивлению, Такэру возвращается в другой мир и сталкивается с похожей трагедией. По теории Юко, участники из параллельных вселенных обречены на одну и ту же судьбу, поэтому Такэру предстоит пережить травму, чтобы защитить тех, кто ему дорог.
