События разворачиваются во времена эпохи Бакумацу — эпохи, когда молодые люди живут под давлением неясного будущего своей страны. Синсаку Такасуги, наёмник из провинции Тёсю, вместе с верным товарищем Когоро Кацуру пробираются на правительственный корабль в погоне за загадочным хронометром, артефактом, который способен управлять временем. Он боится, что власть присвоит силу и злоупотребит ею, поэтому решает уничтожить устройство. Однако судьба подкидывает неожиданность: после того, как ему удаётся заполучить артефакт, он мгновенно лишается его, и напарникам приходится преследовать вора до резиденции правительства в Киото. Прибывая в столицу, они обнаруживают, что правительство уже свергнуто, и теперь эти земли управляет божество Сусаноо. Улицы района и люди выглядят совершенно иначе, чем помнили Синсаку и Когоро. Времена сменились, но миссия героев остается прежней — они решают «перезагрузить» ход истории и спасти свой народ от ужасных сил, которые стремятся захватить власть над ним.
