После отчаянного побега из Музея памяти Саяка Мики возвращается в город Митакихара с тревожными известиями. Не в силах смириться с тем, что ей открыли, она рассказывает Мадоке Канаме и Хомуре Акэми, куда следует направиться в поисках Мами Томоэ, и что важнее — раскрывает пугающую правду о самой природе волшебниц. Осознавая суровую судьбу, которая их ожидает, три подруги сплачиваются и решают действовать вместе, чтобы спасти Мами. В то же время в Камихаме Ячиё Нанами охотится за слухами, пытаясь найти укрытие под названием «Фендт Хоуп» — штаб организации «Крылья Магиуса». Эта загадочная группа волшебниц — единственная ниточка, которая может привести Ячиё к Ирохе Тамаки, исчезновение которой до сих пор остаётся загадкой. Желая вновь собрать команду «Вилла Микадзуки», Ячиё клянётся уничтожить «Крылья Магиуса» и положить конец их зловещим замыслам. Пока разворачиваются эти события, миру угрожает новая, ещё более страшная опасность, способная довести всё существование до грани катастрофы.
