Прошло два года с момента окончания войны между EAF и Координаторами. Мир вынужден жить на зыбком балансе, который устраивает разве что временная передышка, но ни одна из сторон не удовлетворена ситуацией. Чтобы вновь разжечь конфликт, группа Координаторов тайно направляет на Землю колонию Юниус‑7, рассчитывая, что её падение уничтожит почти всё население планеты. Силы ZAFT берут на себя задачу сброса колонии на поверхность планеты, однако обломки наносят Земле колоссальный урон, и война вспыхивает с новой силой. Главные герои вынуждены снова взять оружие и встать на защиту мира, который они так ценят. В этой новой вспышке противостояния прошлое сталкивается с настоящим, заставляя каждого идти до конца ради спасения того, что остаётся ценным — дома, друзей и будущего планеты.
