После окончания школьного турнира по Vanguard у Кодзи Ибуки начинают сниться тревожные кошмары. Номэ Тацунаги просит Суйко призвать его в загадочный особняк, где выясняется, что молодой человек способен видеть Темную башню под названием «Санктуарий». Эта башня искажает временную линию на протяжении всего сюжета, и единственный способ вернуть нормальное развитие событий — сперва Кодзи должен исправить ошибку, которую допустит в будущем. Теперь он и Суйко отправляются в параллельный мир «-if-», чтобы наблюдать за тем, как волшебницы Эми Сэндо и Сюка вызывают юнитов Vanguard и пытаются скорректировать ход истории. Однако помощь самих героев оказывается не столь полезной — карточные поединки против реальных монстров часто оказываются неэффективными, и порой приходится прибегать к иным путям. По мере путешествия они сталкиваются с альтернативными версиями событий и выясняют скрытые причины нарушений, встречаются с теми, кто пытается удержать исказившуюся хронику, и понимают, что вернуть сюжет к нормальной линии можно только найдя источник аномалии и ликвидировав его. Их задача становится временною борьбой за будущее мира и его баланс.
