Действие аниме разворачивается спустя два месяца после событий на подводной лодке «Туата Де Дананн», завершивших первый сезон. «Мифрил» сталкивается с новой угрозой — таинственной организацией, владеющей технологией, способной взламывать ECS — систему электронных замков. Эта группировка известна под названием «Амальгама» и помимо прочего обладает ещё одной «тёмной технологией», полученной от загадочного виспера, того же источника, что и Канаме Тидори. Как и другие секретные службы, Амальгама не желает останавливаться на достигнутом и продолжает продвигать свой дальновидный план. Когда миссия Сосукэ Сагары по защите Тидори оказывается отменённой «Мифрилом», всё, что нужно для реализации замысла Амальгамы, начинает собираться по местам, усиливая напряжение и приближая грань между лояльностью и предательством.
