Действие разворачивается вокруг Шидо Ицуки — обычного старшеклассника, ничем не приметного по меркам школы. В последний день весенних каникул его родной город оказывается опустошён взрывом, и перед ним неожиданно появляется таинственная девушка в доспехах. Прежде чем он успевает прийти в себя, его ждут новые, ещё более запутанные новости: его сестра Котори уверяет, что эта незнакомка — дух, стоящий за глобальными пространственно‑временными смещениями. Вдобавок Котори сообщает, что она сама командует организацией «Рататоск», задачей которой является предотвратить гибель человечества от рук духа. И самым странным способом достижения цели становится не битва, а романтическое сближение с этой загадочной силой. Так ответственность за будущее мира ложится на плечи Шидо, а единственное напутствие, которое он получает от сестры, звучит как шутка: «Я не прошу тебя победить духа. Просто заставь её влюбиться в себя — и спаси человечество!»
