В одном из оживлённых японских мегаполисов, где скорость жизни кажется безупречной, случилось нечто необъяснимое: исчезло всё население города. Это событие всколыхнуло страну и заставило правительство всерьёз пересмотреть устоявшийся порядок. Такуя — одинокий курьер по контракту в исследовательской фирме — внезапно оказывается среди пустых улиц и безмолвных лиц, не понимая причины такого исхода. Он встречает Юки — единственную выжившую после загадочного происшествия, которая убеждена, что пропажа связана с посланием её отца, тоже бесследно исчезнувшего. Вместе они решают отправиться в город-призрак, чтобы распутать клубок исчезновений и найти следы отца. Их путь полон испытаний: им противостоят плетёные тени заговоров скрытых организаций, а по мере продвижения они натыкаются на привидения людей, чьи жизни давно завершились, но чьё присутствие ещё не ушло из этого места.
