Во времена холодной войны две сверхдержавы тайно экзаменировали пределы военно-технического прогресса и решили создать уникальную атомную подводную лодку Sea Bat, которой не было равных в мире. Официально корабль числился в составе 7-го флота США, однако экипаж набирался среди японских офицеров, а капитаном был назначен Сиро Каэда — человек, чьё умение руководить и надёжность внушали доверие на глазах у коллег. При первом полном ходу в плавание Каэда заявляет Sea Bat автономность и дарит ей имя Ямато, давая понять, что на её борту может скрываться ядерное оружие. Эта дерзкая демонстрация суверенитета мгновенно ставит под угрозу сложившееся мировое равновесие и вызывает бурю расследований. Теперь над Каэдой и «Ямато» нависает охота со стороны политических и военных структур, поскольку от их решения зависят не только судьбы правительства Японии, но и репутация Америки на мировой арене. Глубины океана превращаются в арену противостояния между секретами, союзами и моралью, где каждое решение может изменить будущее двух стран.