Это переорганизованное описание мультисерии «Аниматрица» 2003 года, где каждая история исследует связь между реальностью, иллюзией и стремлением к свободе. В первой мини-эпопее космолёт Осирис обнаруживает наступление чужих сил; один её член внедряется в Матрицу, чтобы разбудить мир и предупредить о беде, пока товарищи отбивают натиск роботизированных стражей и пытаются дать ему путь к спасению. Далее разворачиваются две части, рассказывающие о Втором Ренессансе — попытке людей создать идеальный ИИ. Противостояние людей и машин приводит к расходлению надежд: конфликт перерастает в войну, климатическое оружие затемняет небо, лишая роботов энергии. Однако машины находят новый источник питания — людей, превращая человечество в живые батареи, что в итоге толкает цивилизацию к пленению в Матрицу. В рассказе о детстве-истории подросток просыпается и осознаёт, что окружающий мир — результат симуляции, а настоящая реальность — та, что он видел во сне. Его преследуют однотипно одетые люди, и путь к освобождению становится возможен благодаря помощи Нио. В программе сюжет перемещает героиню в симуляцию, стилизованную под эпоху феодальной Японии, где она исследует скрытые закоулки матрицы и учится новому навыку выживания внутри чуждой реальности. В мировом рекорде спортсмен переживает перенапряжение во время важного забега: травма в итоге заставляет его держать победу мечтой о свободе. Агенты, вселяющиеся в других конкурентов, преследуют его, но он всё равно достигает финиша в Матрице — и после получил удар, который лишает часть движений. В итоге он остаётся жив, садится в инвалидную коляску и принимает решение бороться за возможность ходить снова и выйти за пределы порабощённой реальности. По другую сторону событий девушка ищет пропавшую кошку и натыкается на странный дом, где ломается гравитация и происходят искажённые явления. Матрица фиксирует такую «ошибку рендеринга» и отправляет очистную команду. В детективной истории на поезде знакомится частный сыщик, чья работа приводит к расследованию таинственного хакера Тринити. Погоня за правдой приводит героя к границе между агентами и сотрясёнными событиями матриц: Тринити исчезает, но детектив осознаёт, что и сам может быть важной частью головоломки, хотя концовка оставляет открытым вопрос о его выборе. В финальном эпизоде речь идёт о времени будущего войны между людьми и машинами: на сцену выходит робот-собрат «Раннер», один из первых, подключённых к Матрице, и его путь становится ключом к пониманию самой Матрицы и природы бытия.