Это третий фильм в рамках тетралогии о Девочке-волшебнице Мадока и не повторяет дословно события сериала, а движется собственным путём. После того как Мадока изменила структуру вселенной, Хомура оказывается в мире, где рождение новых ведьм прекращено. Но человеческое отчаяние продолжает находить своё выражение в существах, которых называют призраками, и именно они становятся полем битвы для юных волшебниц. Хомура продолжает бороться с одиночеством после разрыва с Мадокой. В картину внедряется новая волшебница по имени Нагиса Момоэ, чья роль добавляет свежий угол взгляда на дружбу, силу и цену выбора. Фильм поднимает вопросы памяти, контроля над магией и того, как близкие связи могут менять сам мир — и ставит героинь перед лицом всё более мрачных испытаний, где магия переплетается с болью и надеждой одновременно.
