Исчезновение Харухи Судзумии

В середине декабря лидер бригады SOS Харухи Судзумии объявляет, что праздничный вечер Рождества они устроят в помещении клуба за столом с рождественским ужином. Остальные участники отряда начинают готовиться, расписывая меню, заготовки подарков и ансамбль мелочей для торжества. Но спустя несколько дней по дороге в школу Кён начинает замечать странности: разговор с Танигути не складывается, он вдруг неожиданно заболел и не помнит, о чем шла вчерашняя беседа. В школьном классе Харухи больше не существует, а на её месте сидит Рёко Асакура и разговаривает с Кёном так, будто ничего не произошло. Микуру Асахина не узнаёт Кёна, а Нагато оказывается обычной девушкой и единственным участником литературного кружка. Никто из членов SOS и сама Харухи не держит места в этой школе — как будто их существование никогда и не было. Мир вокруг рушится, а Кён оказывается заперт в цепочке странностей, которые уходят дальше обычной школьной суеты.