Действие разворачивается в январе 2118 года. Аканэ Цунэмори, главный инспектор Бюро общественной безопасности, получает сообщение об инциденте на иностранном судне. Она вместе с Ацуси Синдо, руководителем отдела статистики Министерства здравоохранения и социального обеспечения, мчится на место происшествия, но по неизвестным причинам расследование передано Исполнительному отделу бюро по координации действий за рубежом при Министерстве иностранных дел. На корабле обнаружена погибшей доктор Милиция Стронская, к встрече с которой Синдо и пригласил её в качестве гостя. За случившимся стоит таинственная организация «Нарушители мира», которую Исполнительный отдел преследовал давно. Первое управление уголовного розыска приходит к выводу, что инцидент связан с этой группировкой, нацелившейся на исследования доктора Стронской, известного как «Документ Стронской», и формирует совместную группу с Департаментом поведенческих расследований. В команду вступает Шинью Когами, бывший беглец из Бюро общественной безопасности. С помощью Дзёдзи Сайги, последнего, кто общался с доктором Стронской, они отправляются в Дэдзиму за документом. Аканэ и Когами сталкиваются с делом, выходящим за рамки обычного и тесно переплетающимся с «Документом Стронской». Скрытая истина, способная потрясти японское правительство и систему Сибилла, впервые выходит на свет. Это не рассказ — это связующее звено между аниме «Психопаспорт: Грешники системы — По ту сторону царства» и «Психо-Пасс 3».