Сюжет разворачивается в Академия-Сити — городе с передовыми технологиями, расположенном к западу от Токио, где изучают людей, чьё развитие стало предметом науки — эсперов. Но в этом мире нашлось место и магии. Главный герой — Томa Камидзё, студент Академия-Сити, обладающий необычной правой рукой и силой, названной «разрушитель воображения». Любая магия или способность эсперов, к которым он прикасается рукой, тут же распадается, включая и его собственную удачу. В один день на балконных перилах он встречает девушку в монашеской форме — Индекс, монахиню из Несессариуса, секретного магического отделения Церкви Англии. В её сознании заключено 103000 запрещённых церковью книг. Эта встреча и загадочная сила руки втягивают Тому в центр конфликта между миром магии и миром науки, где маги и эсперы сталкиваются лоб в лоб, заставляя его идти на рискованные шаги и распутывать клубок интриг вокруг запретных знаний.
