Описание
В мире, где ангелы продолжают угрожать людям, Nerv сталкивается с двумя новыми пилотами: Мари Илластриэс Макинами — пилот EVA-05, чьё участие уже просматривалось в первом бою, и пилот EVA-02, а позже к ним присоединяется EVA-03 — Аска Лэнгли Сикинами. Одновременно Гэндо Икари и организация Seele запускают амбициозный проект по эволюции человечества, в котором задействованы Рей вместе со Синдзи и таинственный мальчик Каору Нагиса. Этот поворот приносит новые мотивы и вопросы о природе сознания, границах личности и долге перед миром: какую цену придётся заплатить за преобразование человечества и каковы будут отношения между пилотами и их боевыми единицами, когда ставки становятся выше. Так начинается новая фаза истории, где наряду с боевой динамикой важнее становится выбор героев и их роль в судьбе всего мира.