В эпоху, когда Земля стала равноценной полем битвы между космическими державами, Гамилусская империя под предводительством жестокого Деслера наносит удар по планете, стремясь к полному господству. Их оружие — радиационные астероиды, которые несут разрушение прямо на поверхность, превращая мир в выжженную пустошь и вынуждая людей прятаться под землёй. Но даже подземные города не застрахованы от вреда радиации, и моральный дух цивилизации начинает дрожать. В это же время на Марсе происшествие кардинально меняет ход событий: столкнувшись с чужой цивилизацией, космический корабль терпит крушение, и среди обломков молодые Сусанумо Кодай и Дайсукэ Сима находят погибшую девушку, державшую перед собой послание к королеве Искандера. В расшифровке говорится о помощи Земле в противостоянии агрессору и приглашении к Искандеру, где, как уверяют, спрятан прибор, способный очистить земную поверхность от ядовитой радиации. В прилагаемом документе — схема для создания могучего космического двигателя. Обнаружив старый военный корабль Ямато, погрузившийся во времена Второй мировой войны, экипаж наделяет его новыми силами и, возглавляемый капитаном Дзюдзо Окитой, отправляется к Искандеру. Время у команды ограничено — всего год, иначе человечеству грозит гибель.
