Описание
Это новое звено в истории, разворачивающееся спустя полгода после решающего боя с Фараоном. Юги Муто и его товарищи уже перевелись в третий год старшей школы и сейчас раздумывают над тем, каким путём им идти дальше и какие цели ставить перед собой. В то же время Сето Каиба не сдаётся в попытке вернуть душу Фараона и заново собрать «Головоломку тысячелетия», но на пути у него стоит таинственный незнакомец по имени Айгами, который мешает его замыслам. Параллельно Каиба работает над новой моделью виртуальных дуэлей, которую уверенно презентуют как радикальную перемену в самой индустрии «Дуэльных монстров». Грядущие события заставят героев переосмыслить дружбу, силу воли и ответственность за последствия своих действий: технология становится как шансом, так и угрозой, способной изменить баланс между прошлым и будущим их мира.