Ангелы продолжают давить на Nerv бесконечными штурмами, а штаб пополняют два новых пилота Евангелиона: дерзкая Мари Илластриэс Макинами, управляющая EVA-05, и молодой пилот Евы-02, который позже становится EVA-03 — Аска Лэнгли Сикинами. В это же время Гэндо Икари и загадочная организация Seele запускают масштабный проект по преобразованию человечести, воплотившийся в эксперимент, где участвуют Рей и Синдзи, а также таинственный мальчик Каору Нагиса, чьи цели и связи с проектом постепенно становятся понятнее. События разворачиваются на фоне напряжённых боёв и личных испытаний пилотов, где границы между человеком и механизмом стираются, поднимая вопросы о предназначении и будущем нашего вида. Эта версия истории расширяет знакомые сюжетные линии, вводя новые легенды и фрагменты.






