После Второго удара мир Японии кардинально изменился: город Токио-3 постоянно подвергается атакам гигантских существ, которых называют Ангелами, и чья цель — уничтожение человечества. Шинджи Икари, три года не разговаривал с отцом, получает внезапный звонок с требованием немедленно явиться в штаб-квартиру организации Nerv. Там ему сообщают о миссии, которая ставит под угрозу саму жизнь людей: борьба с Ангелами. Nerv оснащает своих бойцов огромными роботами, известными как Евангелионами, и обучает их управлению в жестких условиях боя. Так Шинджи становится пилотом Евы-01 и входит в команду, где рядом находится пилот Евы-00 Рей Аянами. Отныне от его решений и умения будет зависеть результат противостояния с таинственными врагами, а слаженная работа пилота и меха станут ключом к выживанию всего человечества.
