История поделена на две временные линии, которые переплетаются между собой и образуют единое повествование. В первой ветке основное внимание уделяется событию, произошедшему в городке Нибельхайм, где сталкиваются и переплетаются судьбы Зака Фэйра, Клауда Страйфа, Тифы Локхарт и Сефироты. Эта часть вводит в контекст загадок и напряжения, которые закладывают основу последующих конфликтов и показывают характер героев под давлением опасной обстановки. Вторая ветка следует после первых событий и рассказывает о побеге Зака и Клауда из исследовательской базы мегакорпорации Shinra Inc., открывая новые мотивы героев и их стремления к свободе. Такое построение позволяет увидеть мотивацию и развитие персонажей с двух ракурсов: их доверие и предательство, дружбу и долг, а также то, как система корпоративной власти воздействует на их судьбы.