Год 2201 ознаменовался завершением борьбы с императором Зордаром и Империей Кометы, после чего «Ямато» отправляется обратно на Землю для капитального ремонта. Экипаж под командованием Сусуму Кодай должен взять на себя почести погибшим товарищам и одновременно набрать новую смену: новичкам придётся пройти долгий путь, прежде чем они станут боеспособны. Им предстоит пройти через суровую школу учёбы и доверия в коллективе, чтобы каждый занимался своим делом слаженно и без промахов. Но передышка окажется лишь кратковременной, и «Ямато» вновь расправляет паруса, уходя в неизведанные дали для очередного похода. Вернувшись к оплоту на Гамилусе с остатками флота, Деслер находит на планете незваных гостей. Империя Тёмной Туманности намеревается присоединить Гамилус и Искандар к своим владениям — их недра богаты ценными минералами, и жадность врага огромна. Кодай и Деслер, ранее заклятые враги, вынуждены отложить давние счёты и объединить силы, чтобы противостоять новой угрозе. Вместе они формируют временный альянс и готовят систему обороны против надвигающейся опасности, грозящей всему галактическому сектору.
