После побед над всеми врагами Земли капитан Харлок решил расстаться с командой и пустился в одиночное плавание по безграничному пространству космоса. Но мирное затишье оказалось иллюзией: ему предстоит столкнуться с новым, казавшимся непобедимым противником, с которым в одиночку не справиться. На археологической миссии профессор Дайба невольно пробуждает древнюю расу, которую называли «Ну» — силу страха, когда-то правившую Вселенной ещё до появления человечества. Спустя пять лет это зло снова набирает мощь и, мечтая вернуть мир в хаос ушедших эпох, начинает претворять в жизнь свой зловещий план. Космический пират капитан Харлок вновь собирает свою команду. Вновь рядом с ним старые товарищи: Кэй Юки, доктор Зеро и первый помощник Яттаран, а к ним присоединяется сын профессора — Тадаси Дайба — ставший частью «Аркадии». Объединив усилия, Харлок и его команда отправляются в поход к загадочному врагу, чтобы в очередной раз защитить Землю и её обитателей от надвигающейся угрозы.
