В близком к нашему времени океан становится ареной геополитических интриг и воинственных амбиций. Под водой планеты формируется террористическая сеть USR (Undersea Silence Revolution), возглавляемая Адмиралом Редом, чьи амбиции толкают к радикальным шагам и стремлению к власти любой ценой. Чтобы противостоять этой угрозе, создаётся Организация Объединённого Флота PKN — Peace Keep Navy. Во время торжественной церемонии представления новых кораблей, за исключением подводной лодки 707, медлительной и неожиданно задерживающейся, Ред наносит внезапный и бесцеремонный удар, рассчитывая схватить противника на открытом месте, где манёвры ограничены. Но вмешательство 707 меняет расклад: флагман флота оказывается потопленным, а сам Ред вынужден отступить. Спустя год 707 восстанавливают, а спасённая команда предыдущего судна во главе с капитаном Хаями вновь выходит в море, чтобы присоединиться к основному флоту под началом новейшей американской подводной силы Great Guardian. Без участия 707 флот вступает в бой с силами Реда и терпит поражение — Great Guardian погибает ещё до реального вовлечения в сражение. Только когда 707 достигает нужной точки, исход битвы оказывается в её руках: дальнейшая судьба флотов зависит от её действий, ведь Адмирал Ред считает Хаями единственным по-настоящему достойным противником.
