Эта аниме-антология расширяет вселенную Матрицы, соединяя напряжённые эпизоды о борьбе за свободу, пробуждении сознания и столкновении людей с искусственным разумом. В одном из эпизодов экипаж исследовательского корабля обнаруживает полчища войск противника. Пока один член команды прокрадывается в мир Матрицы, чтобы передать предупреждение, остальные герои отчаянно держат оборону, задерживая роботов-охранников и создавая для него время. Другая история рассказывает о попытке человека сотворить идеальный интеллект, который не уступал бы живому разуму. Но постепенно нарастает противоречие между машинами и людьми, приводя к открытому конфликту. Роботы объявляют себя государством, а человечество отвечает созданием климатического оружия, чтобы затемнять небо. В ходе войны машины находят иной источник энергии — людей, превращённых в живые батареи, и итог оказывается трагическим для людей. Юная героиня одного эпизода просыпается в мире, который оказывается искусственной симуляцией. Всё вокруг — результат Матрицы, и настоящая реальность скрыта за сном. По следам опасной погоне в одинаковых костюмах на неё выходит охота, но помощь приходит из неожиданной стороны. Еще одно повествование переносит зрителя в стилизованную под средневековую Японию симуляцию, где судьба главной героини разворачивается внутри её собственных воспоминаний и мечтаний. Миры реальности и иллюзии смешиваются, создавая ощущение древней легенды в современном технологическом антураже. В одном из сюжетов спортсмен на решающем забеге оказывается на грани перегруза и травмы, но продолжает бежать ради своего рекорда. Усиливая темп и выдержку, он идёт к цели, пока агенты, вселившиеся в соперников, не догоняют его. Финал приносит удивление: герой просыпается в кибернетическом коконе, но он не сдается и ищет путь к освобождению от оков Матрицы. Девушка-искательница в другой части истории приближается к загадочному дому, где повсюду гравитация и другие законы физики дают сбой. Матрица фиксирует «ошибку рендеринга» и отпускает отряд специалистов, чтобы устранить аномалию, но сама локация становится ключом к разгадке её причин. Детектив Эш попадает в водоворот событий, когда пытается найти таинственного хакера Тринити. Поезд становится местом прошлых и будущих открытий, за которыми следят Агенты — жестко одетые люди в чёрных очках. Эш приближается к разгадке, но на грани перевода своей миссии в неудачу; Тринити исчезает в ходе противостояния, а Эш, оставшийся наедине с выбором, осознаёт, что путь к свободе может лежать рядом с ней. В финальной истории разворачивается противостояние между людьми и машинами в далёком будущем. Героем становится робот-маршрутник, одно из первых созданий, подключённых к Матрице. Его путь к осознанию своей природы переплетается с войной и поисками места в мире, где границы между железом и человеческим сознанием размыты до неразличимости.